Das Kollegium ist verantwortlich für den Schulbetrieb der Rudolf Steiner Schule Aarau. Die drei wichtigsten Gremien der Selbstverwaltung sind die Pädagogische Konferenz, Verwaltungskonferenz, Interne Konferenz. Die Mitglieder der Einfachen Gesellschaft werden durch die Interne Konferenz gewählt.
Die Schulkoordination führt die Schule im Auftrag des Kollegiums und des Vorstands der Schulvereins. Als zentrales Organ überschaut und fördert sie die Gesamtentwicklung der Schule im Sinne der Pädagogik und unter Berücksichtigung der wirtschaftlichen Möglichkeiten. Sie koordiniert die Anliegen von Kollegium, Elternschaft, Vereinsvorstand und Stiftung. Die Mitglieder werden vom Kollegium vorgeschlagen, von demselben und dem Schulvereinsvorstand gewählt.
Der Rudolf Steiner Schulverein Aargau ist rechtlicher und wirtschaftlicher Träger der Schule. Alle Eltern und Lehrkräfte sind Mitglieder. Auch Freunde der Schule können Mitglieder werden. Die Mitgliederversammlung wählt den geschäftsführenden Vorstand.
Die Stiftung Brutelgut ist Eigentümerin der Immobilien und des Geländes der Schule und stellt diese dem Schulverein zur Verfügung. Der Stiftungsrat wird vom Vorstand gewählt.
Die Eltern der Schule wirken zur Wahrnehmung bestimmter Aufgaben und Anliegen in Arbeitsgruppen mit.
Der Elternrat ist das Bindeglied zwischen den Klassengemeinschaften und Schulorganen und fördert den Informationsfluss zwischen Eltern, Lehrern, Schülern und Gremien. Er besteht aus je zwei Vertretern oder Vertreterinnen der Schul- und Kindergartenklassen sowie je einem Vertreter oder einer Vertreterin der Schulkoordination und des Vereinsvorstandes. Der Elternrat trifft sich ein bis zwei Mal pro Quartal. Die Sitzungen sind offen für Interessierte.
Die pädagogische Zusammenarbeit zwischen den Eltern und Lehrkräften wird in Einzelgesprächen, Hausbesuchen Elternabenden, Kursen und Vorträgen gepflegt. Übergreifende Zusammenarbeit geschieht im Elternrat sowie weiteren Arbeitsgruppen.